TINKER

Ζητήστε ή προσφέρετε βοήθεια.
Άβαταρ μέλους
alx
Jr. Member
Jr. Member
Δημοσιεύσεις: 58
Εγγραφή: 30 Νοέμ 2005, 18:47
Distro: Fedora, Gentoo

TINKER

Δημοσίευση από alx » 06 Ιούλ 2007, 14:49

Καλημέρα σε όλους.

Τέλη 2004, είχα ξεκινήσει κάποια projects στο TINKER. Τον καιρό εκείνο -αν δεν με απατά η μνήμη μου- είχα SuSE 8.2 ως 9.1.
Από τον Φεβρουάριο του 2005, που αναγκάστηκα να τα παρατήσω μέχρι σήμερα, όπως γνωρίζετε, το linux έκανε άλματα, ενώ το TINKER, λόγω έλλειψης πόρων, έμεινε στάσιμο. Πριν από ένα μήνα (την μέρα που εγκατέστησα το Fedora 7!) μου ανατέθηκαν νέες εργασίες και μου είπαν ότι έπρεπε να παραδώσω μέχρι τέλη Αυγούστου τις παλιές. Πάω λοιπόν με ζαλισμένο το κεφάλι να κάνω τα make/make install και ώ, τι έκπληξη, δεν δούλευε.

Καθώς τα πρώτα σφάλματα είχαν να κάνουν με το ότι στα makefiles υπήρχε το g77 αντί του gfortran, ξεκίνησα με find & replace στα makefiles, αλλά στην πορεία θυμήθηκα ότι το πακέτο με τον Force Field Explorer, χρειάζεται το JRE 1.4.2 και Java3D 1.3.1. Εκεί λοιπόν τα παράτησα. :mad:

(Προχθές θυμήθηκα και το iloog, αλλά με απογοήτευση είδα αυτό:
20070316:

patched genkernel to succesfully load the latest unionfs (it needed exportfs in the initrd too)
added Crypto F200 firmware (Thanks to Fuzz)
removed tinker package since it depended on jdk-1.4:(
replaced nedit with gedit as default editor
package updates
)

Δυστυχώς όμως, η δουλειά πρέπει να γίνει. Οι λύσεις που μπόρεσα να σκεφτώ, είναι οι εξής:

- Να περιμένω να βγάλει ο Ponder καινούργια έκδοση του TINKER, συμβατή με Fedora 7 στο επόμενο εικοσαήμερο. Αν έχεις τύχη (δεν έχω) διάβαινε και ριζικό (ούτε απ'αυτό διαθέτω) περπάτα... :rolleyes: Αντιθέτως, δίνω 99.9999% πιθανότητα να τον χτυπήσει μετεωρίτης την ώρα που θα σκεφτεί "μήπως ήρθε ο καιρός για μια νέα έκδοση;"

- Να πειραματιστώ με τα makefiles ώστε το TINKER να δουλεύει με gfortran, JRE 1.6.1 και Java3D 1.5.1. Δεν έχω όμως ούτε το χρόνο για κάτι τέτοιο, καθώς η εξεταστική τελειώνει 30/07 και πρέπει μέχρι τον Σεπτέμβριο να έχω παραδώσει, αφ'ετέρου δεν είμαι και τόσο καλός στον προγραμματισμό.

- Να εγκαταστήσω σε ένα partition το SuSE 9.1 και να το δουλευω από εκεί. Εξακολουθεί όμως η Novell να παρέχει υποστήριξη για την έκδοση αυτή; Είμαι σίγουρος ότι είχα χρειαστεί κάποια patches όταν το χρησιμοποιούσα. Επίσης, ενώ όταν έφτιαξα το PC αυτό είχα μια GeForce 3 Ti 500, κάποια στιγμή πέρυσι την άλλαξα και έβαλα μια GeForce 6800. Αν πάλι θυμάμαι καλά, η 9.1 δεν είχε Xorg, αλλά XFree86. Θα υπάρχει πρόβλημα με τον driver της nVidia;

- Να ασχοληθώ επιτέλους με virtualization και να βάλω το SuSE σε xen (kvm δεν υποστηρίζουν οι επεξεργαστές). Εδώ ισχύουν οι προβληματισμοί, που έθεσα παραπάνω, συν το ότι δεν ξέρω τι επιπτώσεις θα έχει αυτό στην απόδοση. Δεδομένου ότι κάποιοι υπολογισμοί έπαιρναν 24ωρα, δεν έχω την πολυτέλεια να χαραμίσω cycles.

Χρειάζομαι δύο εγκαταστάσεις: μία ολόκληρο το πακέτο με τον FFE και όλα τα μπινελίκια, που δεν δουλεύουν και μία μόνο τα binaries του TINKER. (Θα μπορούσα ίσως να εγκαταστήσω τα binaries στο Fedora, αλλάζοντας μόνο τα g77 με gfortran στα makefiles;)
Είμαι πελαγωμένος και ορθάνοιχτος σε προτάσεις.
Το workstation αυτό, το είχα φτιάξει ειδικά για τέτοιες δουλειές: μητρική MSI K7D-Master L, επεξεργαστές 2x Athlon MP 2600+ και κάρτα γραφικών, όπως ανέφερα παραπάνω μία MSI NX6800-TD 128MB (AGP).


Υ.Γ.: Επειδή εδώ και τουλάχιστον ένα μήνα ο ftp server του TINKER έχει πρόβλημα, αν κάποιος θέλει τα πακέτα του προγράμματος, μπορεί να τα βρει εδώ:
http://people.freebsd.org/~fenner/ports ... tml#tinker -- Πλήρης διανομή χωρίς το γραφικό περιβάλλον
http://cluster.earlham.edu/detail/bccd/ ... inux.sh.gz -- ΤINKER + FFE + JRE 1.4.2
Εναλλακτικά, αν έχετε κάποιο πρόβλημα με τα παραπάνω links, ειδοποιήστε με και θα τα ανεβάσω στο rapidshare ή κάτι παρόμοιο.

Υ.Γ.2: Δεν βιαζόμαστε :D. Ιδανικά, θα ήθελα στις 30/07, αφού δώσω το τελευταίο μάθημα, να ξαναστήσω το μηχάνημα.

Άβαταρ μέλους
kargig
Sr. Member
Sr. Member
Δημοσιεύσεις: 448
Εγγραφή: 08 Νοέμ 2005, 21:42
Distro: Windows
Τοποθεσία: Ioannina
Επικοινωνία:

TINKER

Δημοσίευση από kargig » 06 Ιούλ 2007, 17:40

Για αρχή, αν και δεν ξέρω κατά πόσο σου κάνει, μπορώ να σου δώσω να κατεβάσεις μια έκδοση του iloog που είχε ακόμα μέσα στο tinker (7.02). Αυτό είναι το πιο απλό. Μπορώ ακόμα και να σου φτιάξω ειδική έκδοση 7.06 για σένα που να περιέχει το tinker...απλά θα περιμένεις μετά τις 11/07 που τελειώνω εξεταστική...

Το κακό με το iloog για σένα είναι ότι δύσκολα θα το κάνεις install στο δίσκο. Μπορείς όμως να βάλεις εσύ gentoo (ή κάποιο έτοιμο gentoo στυλ sabayon) σε ένα partition σου και να κάνεις μετά emerge tinker ώστε να σου βάλει jdk/jre-1.4 και java3d .

Ακόμα ένας τρόπος (ως ύστατη επιλογή) είναι να δεις με ποιον τρόπο καταφέρνει και κάνει compile το tinker το gentoo από το ebuild του tinker, και να τον προσαρμόσεις στο δικό σου distro.

Αν δεν κάνω λάθος είτε xen είτε kvm βάλεις το cpu σου πρέπει να υποστηρίζει virtualization...αλλιώς δεν θα δουλέψει κανένα από τα 2.


P.S. To tinker που χρησιμοποιεί το gentoo και κατ' επέκταση και το iloog το παίρνει από το ftp://dasher.wustl.edu/pub/tinker.tar.gz

Άβαταρ μέλους
alx
Jr. Member
Jr. Member
Δημοσιεύσεις: 58
Εγγραφή: 30 Νοέμ 2005, 18:47
Distro: Fedora, Gentoo

TINKER

Δημοσίευση από alx » 07 Ιούλ 2007, 00:03

Gentoo... Πολύ φοβόμουν ότι θα ακουγόταν αυτή η λέξη. To 2002, που πρωτάκουσα γι'αυτό μου είχε φανεί εξαιρετική η φιλοσοφία του, αλλά πρόσφατα, που το δοκίμασε ένας φίλος, αποφάσισα ότι ίσως είναι καλύτερα να υπάρχει σε κάποιου άλλου τον υπολογιστή. Χαρακτηριστικά, έβαλα για δοκιμή SuSE 10.1, Mandriva 2007, ξανά Fedora, έπαιξα δυο παιχνιδάκια, βγήκα για ποτό και ξαναγύρισα και ο φίλος μου πάλευε ακόμα με τις ρυθμίσεις της εγκατάστασης.

Πάντως είμαι ανοιχτός στο ενδεχόμενο, πάσχω από έναν λανθάνοντα μαζοχισμό. Να πω την αμαρτία μου, ακόμα και μετά από την εμπειρία του φίλου μου, ήθελα να το δοκιμάσω. Ίσως μάλιστα να με βοηθήσει η ταχύτητά του στο συγκεκριμένο πρόβλημα. Σκέψη: μπορώ να βάλω το gentoo να χρησιμοποιεί το swap του Fedora;

Θα με κολάκευε πολύ η ιδέα μιας ειδικής έκδοσης του iloog για μένα, αλλά χρειάζομαι και το τελευταίο byte της RAM, οπότε Live CD δεν με παίρνει να χρησιμοποιήσω. Όταν δούλευα το TINKER, οι 3 εντολές που έδινα όλη την ώρα ήταν top, ps ax και kill (την πρώτη βδομάδα, 9 στις 10 φορές κατέληγα να καταστρέφω το σύστημα και μετά να ψάχνω στα άδυτα του ReiserFS για να σώσω τα δεδομένα μου...)

Για το xen, είχα την εντύπωση ότι τώρα τελευταία κυκλοφόρησαν ένα patch, για να χρησιμοποιεί το virtualization instruction set (έτσι λέγεται; ) της AMD. Οπότε υπέθετα ότι δεν έχει ανάγκη από συγκεκριμένο επεξεργαστή. Καθώς δεν με ενδιέφερε μέχρι τώρα, δεν βάζω το χέρι μου στη φωτιά.

Όπως είπα, χρειάζομαι δύο εγκαταστάσεις, μία με τον FFE και μία σκέτα τα binaries, γιατί θέλω διαφορετικές παραμέτρους και να κάνω κάποιες άλλες τροποποιήσεις στα sources. Από το scriptάκι του ebuild, τι κρατάω για να τα κάνω compile; Υποθέτω ότι πρέπει να περιλαμβάνει το κομμάτι που αντικαθιστά το g77 με τον εκάστοτε compiler (έστω gfortran) και εκείνο σχετικά με τα flags που περνάει στον compiler και επέλεγα να αγνοήσω... Κοινώς, τι στα κομμάτια πρέπει να γράψω;

Σχετικά με τον dasher: μπορείς να τσεκάρεις αν κατεβαίνει το αναθεματισμένο; Προσπάθησα το πρωί, προσπάθησα και πριν από λίγο, αλλά δεν γίνεται τίποτα.

Ευχαριστώ πολύ για το χρόνο σου. Μάλλον θα σου κλέψω λίγο και στις προσεχείς εβδομάδες... (ωχ, μήπως δεν έπρεπε να το πω αυτό; )

Άβαταρ μέλους
kargig
Sr. Member
Sr. Member
Δημοσιεύσεις: 448
Εγγραφή: 08 Νοέμ 2005, 21:42
Distro: Windows
Τοποθεσία: Ioannina
Επικοινωνία:

TINKER

Δημοσίευση από kargig » 07 Ιούλ 2007, 02:10

Δεν ξέρω και πολλά (έως και δεν έχω απολύτως καμιά ιδέα) από το tinker, αλλά αν θέλεις απλά να το δουλεύεις σε console μπορείς να στήσεις gentoo σε πολύ λίγο χρόνο και να μην βάλεις X ώστε να μην σπαταλάς και resources που όπως λες τα χρειάζεσαι. Ακολουθώντας το handbook του gentoo μπορείς σχετικά γρήγορα να έχεις μία βάση και εκεί επάνω να βάλεις fortran compiler και tinker. Αν θες και X για το FFE...τότε καλύτερα να πας σε λύση του στυλ sabayon, να κάνεις μια όσο πιο light εγκατάσταση γίνεται, και ύστερα να βάλεις εκεί πέρα πια το tinker. Φυσικά και μπορείς να χρησιμοποιείς 1 swap partition για όλα σου τα distro στο ίδιο μηχάνημα.

Αν όμως θες να αποφύγεις το gentoo, τότε διάβασε το src_compile() section του ebuild του gentoo, πάρτο βήμα βήμα (δεν είναι και πολύ δυσνόητο νομίζω) και κάνε ότι λέει στο...fedora σου, και αν είσαι αρκετά τυχερός θα στήσεις το tinker εκεί. Το βασικό σου πρόβλημα για το FFE θα είναι να βάλεις το java3d και το jdk/jre-1.4 στο fedora...δεν ξέρω καθόλου από fedora οπότε δεν ξέρω αν καν υποστηρίζει αυτά τα πακέτα.

Από όσο μου είπαν το tinker θέλει την java μόνο για τα gui του, οπότε επειδή δεν είσαι ο μόνος ο οποίος "παραπονέθηκε" για το tinker, στην επόμενη έκδοση του iloog θα ξαναμπεί κατά πάσα πιθανότητα αλλά χωρίς τα gui.

Αν δεν καταφέρεις να βγάλεις άκρη, μπορώ να σε βοηθήσω και από κοντά (γιάννενα δεν είσαι ?) να στήσεις ένα gentoo για να κάνεις τη δουλειά σου.

κουράγιο...

P.S. από το σπίτι με firefox και με wget κατεβαίνει το tinker από το dasher, από το uoi από ένα μηχάνημα κατεβαίνει ενώ από άλλο όχι. Αν δεν μπορείς να το κατεβάσεις εσύ μπορώ να σου δώσω ένα url μέσα στο uoi για να το κατεβάσεις...στείλε μου PM.
P.S2. δες και αυτό για το patching του makefile: http://chem.skku.ac.kr/main/Tinker

Άβαταρ μέλους
agorf
Top Poster
Top Poster
Δημοσιεύσεις: 637
Εγγραφή: 07 Νοέμ 2005, 23:44
Distro: Debian testing
Τοποθεσία: Χαλκίδα
Επικοινωνία:

TINKER

Δημοσίευση από agorf » 07 Ιούλ 2007, 05:20

Τα αρχεία των ebuilds στο Gentoo (με ελάχιστες εξαιρέσεις) γίνονται mirrored ακριβώς έτσι ώστε αν το original source ψοφήσει/έχει προβλήματα, να μην εξαρτάται το ebuild από αυτό. Επομένως, μπορείς να βρεις το tar.gz του tinker λογικά σε ένα από τα πολλά mirrors του Gentoo. Μερικά παραδείγματα:

ftp://ftp.ntua.gr/pub/linux/gentoo/dist ... ker.tar.gz
ftp://ftp.uoi.gr/mirror/OS/gentoo/distf ... ker.tar.gz

Μπορείς να βρεις όλα τα mirrors εδώ: http://www.gentoo.org/main/en/mirrors.xml (η λογική είναι η ίδια, προσθέτεις distfiles/tinker.tar.gz στο κατάλληλο URL).

Αν έχεις εμπειρία και σου αρέσει να ζεις επικίνδυνα (== να μην ακολουθήσεις κατά γράμμα το Gentoo handbook), μπορείς να βρεις ένα λακωνικό οδηγό εδώ: http://www.dionyziz.com/Gentoo

Καλή επιτυχία.

Άβαταρ μέλους
alx
Jr. Member
Jr. Member
Δημοσιεύσεις: 58
Εγγραφή: 30 Νοέμ 2005, 18:47
Distro: Fedora, Gentoo

TINKER

Δημοσίευση από alx » 07 Ιούλ 2007, 16:44

Πολύ ενδιαφέροντα όλα αυτά... Ψήθηκα :D. Θα βάλω να κατέβει το Minimal CD και στο τελευταίο μάθημα, μόλις δω ότι έπιασα (ή δεν έπιασα) βάση, τρέχω σπίτι για εγκατάσταση.

Καθώς το σύστημα είναι SMP, θα χρειαστεί να προσέξω κάτι; Μέχρι πριν δύο εκδόσεις φερ'ειπείν το Fedora είχε ξεχωριστό πυρήνα για SMP μηχανήματα, τώρα πια όχι. Επίσης, θα επιταχύνουν καθόλου οι δύο επεξεργαστές το compilation ή δεν θα δω καμμία διαφορά;

Ο χώρος που θα πιάσει η εγκατάσταση και το τι θα εγκατασταθεί, δεν με απασχολεί ιδιαίτερα. Αυτό που έκανα συνήθως ήταν να κατεβαίνω σε runlevel 3 για τους υπολογισμούς και μετά ξανά σε 5 για να δουλέψω με το FFE (screenshots, έλεγχος σφαλμάτων κλπ.). Μήπως υπάρχει άλλος τρόπος κι έκανα βλακείες;

Σχετικά με το iloog: Πιστεύω ότι το TINKER σε ένα Live CD έχει αξία κυρίως για λόγους επίδειξης ή σε περίπτωση ανάγκης, αλλά πάντα για δουλειά με μικρά μόρια, λόγω της στατικής δέσμευσης της RAM, αφ'ετέρου δεν μπορώ να σκεφτώ κάποιον λόγο να έχει κανείς ένα Live CD να τρέχει υπολογισμούς για μέρες, είναι καθαρή σπατάλη/σαδομαζοχισμός/βίτσιο/βλακεία. Όσον αφορά τον FFE, το καλό του είναι ότι μπορείς να παρακάμψεις την κονσόλα για τις περισσότερες συνηθισμένες επιλογές συν το ότι μπορείς να αντιληφθείς πιο γρήγορα αν έχει γίνει κάποιο λάθος. Για οπτικοποίηση μόνο, υπάρχουν κι άλλα σύγχρονα προγράμματα, όπως το garlic (το οποίο όμως δεν διαβάζει αρχεία εσωτερικών συντεταγμένων και η μετατροπή σε καρτεσιανές δεν είναι πάντα εύκολη). Η πιο απλή λύση θα ήταν να βάλεις τα compiled binaries και να μην ασχοληθείς άλλο με το θέμα.

Σχετικά με τον ftp server του Ponder: Δοκίμασα σε όλους τους υπολογιστές του σπιτιού με Firefox 64-bit, Firefox 32-bit, wget, jigsaw, απλό ftp, με win, IE, FlashGet, Directory Opus, WSFTP, αλλά τίποτα. Μου βγάζει σε μερικές περιπτώσεις timeout, αλλά μετά από υπερβολικά πολλή ώρα ή σε κάποιες άλλες unknown error. Εν πάσει περιπτώσει τα έχω όλα τα αρχεία από τον server, οπότε δεν με απασχολεί και τόσο, απλά μου κάνει εντύπωση, γιατί ποτέ δεν μου έχει ξανατύχει κάτι τέτοιο.

Εγκυκλοπαιδικά στοιχεία για τη σχέση του Fedora με την Java εδώ. Σε ένα παλιό μηχάνημα με Fedora 4, που έχω στο LAN για server και για να κατεβάζει, του έβαλα τη Java της Sun στο /opt και μετά είχε μια μικρή διαδικασία με τη διαμόρφωση των alternatives. Δεν ξέρω αν θα μπορούσε να λειτουργήσει η Java3D πάντως...

Άβαταρ μέλους
alx
Jr. Member
Jr. Member
Δημοσιεύσεις: 58
Εγγραφή: 30 Νοέμ 2005, 18:47
Distro: Fedora, Gentoo

TINKER

Δημοσίευση από alx » 31 Ιούλ 2007, 19:09

Εξεταστική επί τέλους, τέλος. Ξεκίνησα χθες την εγκατάσταση του Gentoo και μετά από δύο αποτυχημένες απόπειρες, έκανα ένα διάλειμμα στις 7:30 το πρωί. Η τρίτη απόπειρα, που ξεκίνησα πριν από λίγο, μάλλον θα τελεσφορήσει. Από περιέργεια, έχει απομείνει κανένας fan του Gentoo στην πόλη ή έστω κοντά σε μια οθόνη ή την κάνατε όλοι για παραλία;

Άβαταρ μέλους
Indy
Jr. Member
Jr. Member
Δημοσιεύσεις: 87
Εγγραφή: 29 Νοέμ 2005, 15:29
Distro: Windows
Τοποθεσία: Θεσσαλονίκη
Επικοινωνία:

TINKER

Δημοσίευση από Indy » 31 Ιούλ 2007, 20:30

Έχω εγώ Gentoo σε ένα laptop. Αν χρειαστείς τίποτα ρώτα στο forum, λογικά θα βρεις απαντήσεις.
Programs must be written for people to read, and only incidentally for machines to execute.

Απάντηση

Μέλη σε σύνδεση

Μέλη σε αυτήν τη Δ. Συζήτηση: Δεν υπάρχουν εγγεγραμμένα μέλη και 2 επισκέπτες